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波干燥杀菌设备杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应共同作用的结果。物料中的虫卵和细胞也会因分子极化驰豫，同时吸收微波升温，微波对细胞的热效应使蛋白质变性而死亡；微波对细胞的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细胞因此营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，决定细胞正常生长和稳定遗传繁殖的核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）是由若干氢键紧密连接而成的卷曲型大分子，足够强的微波可以导致氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因突变或染色体畸变。微波干燥杀菌设备的生物效应在杀菌中起到了常规物理杀菌所没有的特殊作用。
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